Die Anfänge der theologischen Ausbildung gehen bis 1866 zurück. In bescheidenem Rahmen wurde den jungen Klerikern theologischer Unterricht geboten.

Während des Kulturkampfes erfolgte die theologische Unterweisung der jungen Mönche auch in den Abteien Volters (1875 - 80) und in der Abtei Emmaus in Prag (1880 - 83). Danach wurde das theologische Studium nach Kloster Seckau in der Steiermark verlegt (1883 - 87), um anschließend wieder nach Beuron zurückzukehren (1887 - 1918).

Die Zahl der Studierenden schwankte zwischen 5 und 27 Klerikern aus verschiedenen Konventen deutschsprachiger Benediktinerklöster. Die Dozenten kamen ebenfalls aus verschiedenen Abteien, unter ihnen nicht wenige, die später Äbte wurden.

Ab 1919 wurde die Klerikats- und Studienordnung gestrafft, eine eigene Klerikatskapelle eröffnet und im neu errichteten Westtrakt der Erzabtei die räumliche Voraussetzung für einen ordentlichen Hochschulbetrieb geschaffen. Zwei Auditorien, Bibliothek, Klerikatskapelle und Studierzimmer bildeten eine eigene Abteilung in Beuron. Im Studienjahr 1935/36 studierten 56 Mönche in Beuron Theologie - die philosophischen Studien wurden zuvor in der Abtei Maria Laach absolviert.

Nach dem 2. Weltkrieg erlebte die Theologische Hochschule Beuron eine weitere Blüte in den Jahren bis 1962 (29 Hörer). Die Studierenden kamen jetzt aus der Beuroner, Bayrischen und Österreichischen Kongregation. Außerdem waren Zisterzienser- und Prämonstratensermönche sowie nord- und lateinamerikanische Abteien vertreten.

Am 26. November 1957 wurde die Beuroner Ausbildungsstätte vom Staatsministerium Baden-Württemberg als Theologische Hochschule erneut bestätigt. Seit 1967 ist die Hochschule vakant. Sie besteht rechtlich, es finden aber bis auf weiteres keine Vorlesungen und Prüfungen statt.

Heute studieren die Mönche an theologischen Fakultäten, insbesondere in Salzburg und Rom.